يقع المتحف الوطني للتاريخ الطبيعي في حديقة ريزال، وهو من عوامل الجذب الأساسية التي تستهوي الكثير من المحليين والأجانب، وذلك لما يحتضنه من مقتنيات موزّعة على 12 معرض دائم ومخصص لكل من التنوّع البيولوجي والجيولوجي الغني للفلبين، ففيه نماذج حيوانية ونباتية وجيولوجية تمثّل التاريخ الطبيعي الفريد، إضافةً إلى أنه يضم هيكل "شجرة الحياة" الذي يربط جميع النظم البيئية الفريدة في الفلبين.